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Sepa vd., como añadido a la recetita, que esto es la solución que había antes, cuando no existía el autoremove.
Actualmente, cuando se instala un paquete porque otro tira de él, se le marca como "instalado automáticamente". Cuando le das al autoremove, lo que estás desinstalando son paquetes marcados como "a" (instalados auto...) de los que ya no depende nadie.
Obviamente, si tenías paquetes (de librerías, principalmente) instalados por dependencia desde antes que existiese esa funcionalidad en el sistema de paquetes... no estarán marcados como "a" y por tanto hay que desinstalarlos a mano (o con deborphan).
Alabado sea dpkg... así como apt-get y aptitude, sus profetas.
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